學校前身為二十世紀50年代初期創辦的南京市上新河中學和80年代創辦的南京市南湖一中兩校的高中部，2007年4月18日兩校合并命名為南京市建鄴高級中學。
至2017年，高中所有年級已搬至新校區--建鄴區富春江東街80號，整體占地面積66800平方米，在校生數998名，教職工共143名 。
